ピロリ菌除菌は非常に効果的な治療法ですが、最近では１度の除菌で成功しない人が増えてきています。これは、小さい頃から風邪を引いた時に抗生物質を飲んでいることが原因となっています。
最初、胃の中に感受性菌という薬に効きやすいピロリ菌しかいませんが、薬に強い耐性菌が出てきて、１度の除菌では耐性菌だけが残ってしまうケースがあるということが分かってきています。薬が効きやすい場合、９割は効果が得られますが、耐性菌がある人は１割程度しか除菌ができません。
その場合、クラリスロマイシンをレトロニタゾールという、腸炎やトリコモナス膣炎に使う薬に変えると、９割は効いてきます。しかし、薬が効くかどうかは調べてみないと分からないので、通常の医療機関ではクラリスロマイシンを使用しています。
理想では、耐性菌のある人には、レトロニタゾールを使うと１回で除菌ができるようになるのではないかといわれていますが、感受性を確認するためには、内視鏡で粘膜を取らなくてはいけません。しかし、そこまで調べるのは大変なため、培養してコロニー（菌叢）を調べる方法も取られています。