歯周病の原因は「歯垢（プラーク）」です。このプラークは、細菌が集まってできたもので、人間の口の中は、毎日食事をしているため、常に細菌が入り、細菌の塊のようになっています。この細菌が集まってできたプラークは、ベッタリと歯にくっ付いてしまうという特長があり、歯を支える組織に炎症を起こし、歯周病が始まってしまうのです。
プラークは「食べかす」だと思われがちですが、食べかすではありません。細菌が集まってできた細菌の塊なのです．食べかすが直接的に感染を起こすことはなく、プラークの中の細菌によって虫歯や歯周病が引き起こされます。口の中には300種以上の細菌が存在し、500億〜１兆個の生きた細菌が活動しているといわれています。この細菌には、歯の表面に付くタイプと歯周ポケットと呼ばれる歯と歯茎の溝の間に存在するタイプがあり、歯茎（歯肉）の縁より上に付着する細菌が塊を作ったものを「歯肉縁上プラーク」、歯茎（歯肉）の縁より下で、歯周ポケットの中に付く細菌が塊を作ったものを「歯肉縁下プラーク」と呼んでいます。
歯肉縁上プラークには、「好気性菌」という酸素があるところでよく育つ菌が多く存在しますが、これが一般的な虫歯菌です。歯茎より下にいる細菌は、「嫌気性菌」という空気がないところでも繁殖ができる菌が多くを占め、これが歯周病の主な原因といわれています。
最近では、生きたままの細菌を見ることができる暗視野顕微鏡や位相差顕微鏡を取り入れ、口の中の状態を見せてくれる歯科医院などもあります。

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