内臓脂肪は、高血糖を下げるホルモンであるインスリンの働きを弱めてしまうため、血液中の糖分が高くなり、糖尿病を引き起こす原因となってしまいます。また、内臓脂肪からは遊離脂肪酸という中性脂肪の素となる物質が出てきます。内臓脂肪が全身に遊離脂肪酸を過剰供給し、血液中の中性脂肪を増やすことになります。
さらに、内臓脂肪からはさまざま生理活性物質（アディポサイトカイン）が分泌されます。この生理活性物質には善玉と悪玉があり、そのほとんどが悪玉です。内臓脂肪の量が増えるとインスリン抵抗性のTNF-αやレジスチン、レプチン、血圧を上げるアンジオテンシノーゲン、血液を固まらせてしまうPAI-1など、悪玉の生理活性物質がどんどん分泌され、高血圧や糖尿病を引き起こします。その一方で、善玉の生理活性物質（アディポネクチン）は徐々に分泌されなくなってしまいます。
内臓脂肪酸が遊離脂肪酸を生み出し、悪玉の生理活性物質によって高血圧や脂質代謝異常を起こすことが動脈硬化に繋がるという流れが分かってきています。

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